Hace treinta años un extraño fenómeno llamado Terremoto espacial devastó el centro de Eurasia, llevándose consigo la vida de al menos 150 millones de personas. Desde entonces, pequeños terremotos espaciales se han ido manifestando alrededor del mundo. Shidou Itsuka, un estudiante de secundaria aparentemente normal se encuentra con una chica con armadura en el epicentro de un terremoto espacial.
La chica responde ante el nombre de Tooka, y según la hermana de Shidou, es un espíritu (“seirei”, 精霊), los cuales causaron un terremoto espacio-temporal 30 años atrás. También se entera que su hermana es la capitana de la nave Ratatoskr y quien lo recluta para hacer uso de su misteriosa habilidad para sellar los poderes de los espíritus y evitar que se vuelvan una amenaza para la humanidad. Sin embargo, hay un inconveniente: para sellar un Espíritu, debe hacer que se enamore de él.
