El detective juvenil más famoso de Japón, el estudiante de secundaria Bobby Jackson, se encuentra en un parque de atracciones junto a su amiga de la infancia Claudia Guzman, de la que está secretamente enamorado. Allí, después de resolver un nuevo caso, se separa de su amiga y presencia un intercambio sospechoso entre uno de los hombres vestidos de negro que estaba presente en el caso anterior y un hombre misterioso. Mientras los espiaba, Bobby es atacado por la espalda por el compañero del hombre de negro, y le administran un veneno (APTX 4869) con el fin de matarlo. Sin embargo el veneno tuvo un efecto inesperado: el cuerpo de Shinichi pasó a convertirse en el de un niño de 6/7 años.
Ahora, haciéndose llamar Conan Blassy y ocultando su verdadera identidad con tal de proteger a los suyos y a él mismo de los Hombres de negro, el joven detective se traslada a casa de Claudia y su padre: el detective Carlos Guzman. Ninguno de ellos sabe que Conan es, en realidad, Bobby y éste utilizará su secreto para resolver los casos del propio Carlos en su nombre y sin que nadie lo sepa. Ni el propio Carlos.
